Schipperken er en svært gammel rase. Dens forfedre har alltid i detaljer hatt den samme framtoningen som rasen har i dag, og dens hovedtrekk har heller ikke forandret seg vesentlig på veldig lenge. Schipperken er en «redusert» utgave av Lupoiden, som utgjør den eldste linjen innen hundefamilien. Lupoiden er som navnet tilsier en likhet med ulv. Den har et kileformet hode med en svak knekk og oppstående ører. Deres vanligste eksemplar hos oss er gjeterhunder enten de er beslektet rase eller de er av en bestemt rase som schæfer, belgisk fårehund m.f. Det er generelt akseptert at som ren form kan den ikke annet enn å forbli (nesten) uforandret. Schipperken er den blant hundene av liten størrelse den som er den reneste representanten for Lupoiden.
Den er derfor fri for de fantasi karakteristikker som vi mennesker med vilje har laget på mange raser. Den er derfor uforandret og i sin «originale form» over så lang tid. At den er liten er det eneste som vitner om en virkelig utvikling og har bare hatt en liten påvirkning på dens proposisjoner. Våre eksemplarer på 6 – 7 kg er eksakt forminsking av det som var hunden av samme rase hvis vekt var mye større. En fransk hundeekspert har uttalt: «Schipperken er den vakre dverg». Dverg betyr her reduksjon av en i utgangspunktet mye større størrelse. Schipperken er altså reduksjon av en hund som var av samme type som den selv, men mye større.
Man mener at denne hunden må ha vært Leuvènaar eller Louvains, teori av en Sh. Huge. Leuvènaaren var en «hund-ulv», som regel sort og med en mellomstørrelse, de største ble brukt til å passe buskapet, de er opphavet til gjeterhundene som ble av de mest tallrike forfedrene til de belgiske gjeterhundene som vi har i dag. De mindre hundene ble valgt til å jage rotter fra stallene og i boligen – forfedrene til vår Schipperke.
Som man ser er vår rase av belgisk får-/gjeterhund familien. Rasens hjemland er Belgia, fra Flandern og provinsene Antwerpen og Brabant. Allerede i år 1500 er Schipperken omtalt i en krøniker av munken Wencelsals. Schipperken fikk sitt navn av innbyggerne i Brabant, Schipperke betyr på flamsk liten gjeter. På slutten av 1600 tallet paraderte skomakere med sine sorte hunder på det store markedet hver søndag i Brussel. Skomakerne viste hundene først og fremst fram for å syne fram sine flotte håndlagde halspynt, som var spesiallaget for Schipperke, slik at kraven ikke skulle bli ødelagt. Fremdeles kan man se noen av halsbåndene på museum i Brussel.
Schipperken ble på 1700 – 1800 tallet brukt til å holde rotteplagene under kontroll på bryggeriene i Leuven og på gårdene, samt til å passe på dyrene på gårdene. Etter hvert ble de også tatt i bruk som vakt- og selskapshunder, bl.a. på lekterbåter. Den holdt lekterne rene for rotter og mus, og varslet ved ankomst av uvedkommende. (Enkelte hevder derfor at navnet betyr «liten skipper»). Den har også vært brukt som jakthund på rev, kanin, vaskebjørn og andre mindre dyr.
Rasen ble første gang registrert i Belgia i 1882, samme år ble de for første gang stilt på en utstilling i Belgia. Det var adelen i Belgia som hadde «råd» til å rasen på denne tiden. To av de første hundene som ble utstilt het Tic og Tac. I 1888 kom en gruppe hundeeiere sammen for å danne en raseklubb, slik at dette ble den første offisielle raseklubben som ble anerkjent av den «belgiske kennel klubb» og den offisielle standard for Schipperke ble vedtatt. På den første utstillingen i 1888 var det 77 hunder påmeldt, så den må ha vært svært populær.